莱州派兵五千救援青州，被杨师厚部几乎全歼，师厚遂移军寨与青州城下，青州王师范乞师于淮南，杨行密发兵赴之，徐温时为小将，亦预其行。淮南师次青之南鄙，师范已败，淮兵大掠而还。李棨时幼稚，为徐温所掳，温爱其慧黠，遂育为己子，名曰知诰。王师范见大势已去，派副使李嗣业及弟王师悦向杨师厚请求投降。杨师厚请示朱全忠，朱全忠怒说：“杀我侄子，此仇不共戴天，不取王师范的人头，孤誓不罢休！”谋士李振劝说朱温说：“两军相争，各为其主，现在我们的主要敌人是李茂贞、李克用和杨行密，王师范投降是天助我也，我们可以用他的兵抵抗李克用和杨行密，等大功告成，再将其诸杀也不迟！”参谋敬翔也说：“王师范虽败，但是青州兵还有数十万，如果不以怀柔缓慢的政策处理，青州很难平定，就算平定了也要付出很大的代价！”朱全忠于是转怒为笑，允许王师范投降。自此，淄青并入朱全忠的势力范围，朱温加杨师厚检校司徒、徐州节度使。
天复三年十一月，王师范告降，且言先差行军司马刘鄩领兵入兖州，请释其罪，朱全忠答应。王师范亦以告鄩，刘鄩即出城听命。朱全忠听闻刘鄩归降，嘉其节概，对众将说：“刘鄩是山东人，李勣也是山东人，刘鄩有李英公之风”。
刘鄩既降，葛从周具行装服马，请鄩归大梁。刘鄩说：“未受汴王舍释之旨，乘肥衣裘，非敢闻命。”即素服跨驴而发。及将谒见，朱全忠令赐冠带，刘鄩说：“累囚负罪，请就絷而入。”朱全忠不许。及见，慰抚移时，且饮之酒，刘鄩以量小告朱温。朱全忠说：“取兖州，量何大耶！”说完哈哈大笑，刘鄩也跟着微笑。朱全忠以鄩善事其主，待之甚优，寻署为元帅府都押牙，权知鄜州留后。
岁余，朱全忠遣李振权典青州事，因令王师范举家徙汴。师范将至，缟素乘驴，请罪于朱全忠。朱全忠以礼待之，寻表师范为河阳节度使。会韩建移镇青州，朱全忠帐饯于郊，王师范也在席。朱全忠对韩建说：“公顷在华阴，政事之暇，省览经籍，此亦士君子之大务。今之青土，政简务暇，可复修华阴之故事。”韩建捴谦而已。朱全忠又对王师范说：“公读书必须精意，勿错用心，不然后悔莫急。”朱全忠以师范好儒，前以青州叛，故以此言讥之。
朱全忠攻围凤翔历年。王建外修好于汴，指茂贞罪状，又阴与李茂贞间使往来，且言坚壁勿和，许以出师赴援，因分命诸军攻取兴元。李茂贞听闻王建趁火打劫，大怒，大骂王建：“贼王八。”朱全忠听闻王建攻打兴元，笑对众将说：“王八这个狡猾的狐狸，比我还奸诈。”及朱温解围，茂贞山南诸州皆为王建所有，王建于是自置守将，称霸西方。
天福三年正月，众大臣奉昭宗还长安。崔胤对昭宗说：“皇上三番四次落难皆宦官所赐，请杀尽宦官。”昭宗犹豫，崔胤坚持，昭宗乃从其议，于是崔胤与朱温命军士尽杀宦官数百人，其出使在外监军者，令各地藩镇全部诛杀，只留职位低而幼弱者二一十人以备洒扫。
崔胤诛宦官也，命令下到河东，李克用伪戮罪人首级以奉诏，匿宦官张承业于斛律寺。张承业，字继元，本姓康，同州人。咸通中，内常侍张泰畜为假子。光启中，主郃阳军事，赐紫，入为内供奉。李克用之讨王行瑜，承业累奉使渭北，因留监李克用军事，贼平，改酒坊使。昭宗将幸太原，以承业与李克用善，用除为河东监军，密令迎驾。既而昭宗幸华州，就加张承业左监门卫将军。驾在凤翔，张承业屡请出师晋、绛，以为岐人掎角，无奈河东大军被汴兵阻挡。
朱全忠诛杀完宦官后，率大军返回汴州，宰相崔胤想重建神策军，乃书信一封给朱全忠说：“李茂贞辈近日又复故态，蠢蠢欲动。长安不可不为守御之备。而河东未宁，淮南仍嚣，大帅不能全力保卫京师。京师除贵贤侄所领之外，旧六军十二卫俱皆名额空存，编制实无。朝议拟召募壮士，恢复旧额，使北伐无西顾之忧，国家有根本之固。”写好信后，崔胤将李振请至中书堂，将信给其过目，李振看完后也没有异议，崔胤封好信，请李振转交。
崔胤特在家中举行私宴，宴请李振。席间，崔胤说：“公祖上累世名臣，先祖李抱真更是收服了王武俊，对大唐有再造之功劳，你我两家俱为唐室砥柱，当共同框扶王室。”李振敷衍说：“公雄才伟略，振当效命而听！“崔胤大喜，与李振痛饮，三更而退。
明日，李振将详情报告朱全忠说：“崔胤想掌握兵权，王应该暗备之。”朱全忠于是将计就计，暗令汴军武士前去应募，以座实崔胤之谋。朱全忠从长安回到大梁，回信赞扬崔胤说：“公为国尽心，考虑周全，本王完全赞同“。崔胤大喜，正式与昭宗计议此事，说：”天子如果没有自己的军队，那就是别人的傀儡，天子是树干，诸侯是树枝，只有树干强大，天下才会稳定。“昭宗完全赞同，说：”自从李茂贞和韩建毁了朕的亲军，朕早想建立自己的军队，公的提议正合朕意。“于是立即下勅书招募士兵，令人在京师及三辅到处张贴露布，悬格招募。这是昭宗朝第三次召募禁军，虽然傍观者皆知朝廷比以前更衰弱，但新一批青年还是争相报名，以换取丰厚的薪金。
崔胤为慎重其事，特请出前朝老将军郑元规为六军十二卫副使，具体负责召募和组训，昭宗见崔胤对自己和朝廷有大功，于是任命其为兼“判六军诸卫事”，开创了唐王朝由首相兼职禁军统帅的先例。
朱全忠方图兖、郓之时，虑魏博节度使罗宏信离贰，每岁时赂遗，必卑辞厚礼。罗宏信每有答贶，朱全忠必对魏使北面拜而受之，曰：“六兄比予有倍年之长，兄弟之国，安得以常邻遇之。”故宏信以为厚己。其后，宏信累官至检校太尉，封临清王。光化元年八月，薨于位，其子罗绍威为留后。罗绍威见唐祚衰凌，群雄交乱，朱温兵强天下，必知有禅代之志，故倾心附结，赞成其事，每虑牙军变易，心不自安。
天祐元年，州城地无故自陷，魏博小校李公牷与众将谋说：“罗宏信以前只不过是个养马的校尉，通过欺骗别人当上了节度使，现在州城地无故自陷，证明上天已经厌倦了罗家，我们应该推荐新人做节度使，这样我们就可以加官进爵。”众将大喜。罗绍威愈惧，乃决定图牙军，遣使告朱全忠，求为外援。朱全忠许之，遣李思安会魏博军再攻沧州。正好，此时朱全忠的女儿薨于魏，朱全忠因之遣长直军校马嗣勋选兵千人，伏兵仗于巨橐中，肩舁以入魏州，言助女葬事。
天祐三年正月五日，朱全忠亲率大军济河，声言视行营于沧、景，魏博牙军颇疑其事。十六日，罗绍威率奴客数百与嗣勋同攻牙军，时宿于牙城者千余人，知道被罗绍威所卖，个个死战，迟明罗绍威尽诛之，嗣勋战死。牙军凡八千家，绍威皆赤其族，州城为之一空。
翼日，朱全忠自内黄驰至鄴城。时魏军二万，方与朱温大军同围沧州，闻城中有变，乃拥大将史仁遇保于高唐，中军前有魏博将山河营指挥使左行迁，闻府中有变，亦引军还屯历亭，自称留后，从乱者数万人。六州之内，皆为勍敌，朱全忠遣诸将分讨之。符道昭佐周彝与寇彦卿率军来到历亭，两边列阵，左行迁出马大骂：“朱温真是狼子野心，枉我们魏博人为他出生入死，没想到他既然想兼并我们魏博。”符道昭大怒，率所部率先犯阵，左行迁死战，符道昭眼看不敌，周彝、彦卿犄角继进，左行迁大败，魏博兵被杀四万余人，符道昭擒左行迁，斩之。符道昭听闻有史仁遇亦聚徒数万据高唐，又破之，擒仁遇以献。乘胜取澶、博二州，平之，复杀万余人。连以捷告，皆以道昭为首。朱全忠阴知护兵者上功不实，俱不议赏。魏博乱军半岁方平，自是罗绍威自弱。罗绍威非常后悔，对人道：“把魏博六州四十三县的铁聚集起来，也铸不成这么大的错!”
朱友伦身为“宿卫军都指挥使”，却不参与新禁军的任何事务，其属下的两万名“宿卫军”也未纳入六军十二卫序列，但却仍在原先禁军营房驻扎。新兵暂时在城南地面操训。两方商洽营地换防，朱友伦态度骄慢，并未打算退出宫城。崔胤于是大怒，打算除掉朱友伦。
十月辛巳的一个下午，崔胤暗中派人约护驾都指挥使朱友伦击鞠，朱友伦见无事可做，于是答应和众将士玩玩。双方骑着骏马你来我往的追逐的时候，崔胤派去的将领一脚把朱友伦踢落马，朱友伦堕马而亡，时年二十五岁。
朱全忠听闻朱友伦卒于长安，大怒，以兵七万至河中。昭宗涕泣，不知所为，将奔太原，不果。宰相崔胤遣人止朱温，朱温一剑将来使斩杀，上奏说：“臣对国家有再立之功，没想到臣的侄子友伦却为胤等所杀，请皇上将崔胤等诛杀，替我侄儿报仇。”昭宗未从，朱温乃遣朱友裕至京师，以兵围开化坊，杀崔胤及京兆尹郑元规、皇城使王建勋、飞龙使陈班、阁门使王建袭、客省使王建乂、前左仆射张浚。
朱全忠对大臣们大开杀戒，昭宗想到这些年深受诸侯的欺压，登上皇楼远望，感叹这些年来受到的屈辱，乃写下菩萨蛮一首：“登楼遥望秦宫殿，茫茫只见双飞燕。渭水一条流，千山与万丘。远烟笼碧树，陌上行人去。安得有英雄，迎归大内中。”朱温控制朝廷后，任命心腹蒋玄晖为枢密使，将玄晖对朱温唯命是从。朱全忠见太子李裕眉目疏朗清秀，年纪渐渐成人，总是感到畏惧，于是对枢密使蒋玄晖说：“德王曾经窃取皇帝宝座，普天下人尽皆知。皇上应大义灭亲，怎么能让他久留人世？这是用不孝的先例来教后代人，请明公秘密启奏皇上。”蒋玄晖同意这样做，但唐昭宗不予采纳。
过了一些日子，唐昭宗对朱全忠说：“听说你对太子不满？想废除太子。”朱全忠说：“这是国家大事，微臣哪里敢私下随意议论？这完全是蒋玄晖诬陷我。”唐昭宗于是委派第九子李裕担任天下兵马大元帅，以稳固其地位。
李茂贞被朱温围困了三年，山南（汉中）诸州尽为王建所陷，泾、原、秦、陇、邠、鄜、延、夏皆降于汴。李茂贞只能够独据凤翔孤城，自是兵力殚尽，垂翅不振，李茂贞惧朱温复讨，请去王号落为尚书令，昭宗许之。李茂贞经过半年的休养元气稍微恢复，后听闻朱温率大军逼宫，复率邠、岐兵士侵逼京畿，想夺回昭宗。朱全忠因是上表，说：“百足之虫，死而不僵，李茂贞狼子野心又想劫驾，长安已经不安全，请皇上幸洛阳。”昭宗犹豫，朱全忠坚请昭宗幸洛阳，昭宗不得已而从之。
朱全忠派张全义率诸道丁匠财力，同构洛阳官，不数月而成。朱全忠令朱友恭乃和氏叔琮为昭宗护卫，控制昭宗，昭宗驻跸于陕，朱全忠自河中来觐，谒见行营。朱全忠因洒涕而言说：“李茂贞等窃谋祸乱，将迫乘舆，老臣无状，请陛下东迁，为社稷大计也。”昭宗命延于寝室见何皇后，面赐酒器及衣物。何后对朱全忠说：“此后大家夫妇委身于全忠矣。”因欷歔泣下。朱全忠说：“皇后请放心，臣一定尽心保护。”后数日，朱全忠开宴于陕之私第，请驾临幸。翼日，朱温辞归洛阳，昭宗乃与何后谋，昭宗说：“朱温心狠手辣，朕的江山一定毁于其手，其劝朕东迁就是想‘夹天子，令诸侯’。”何后怒说：“朱温喜欢女人，皇上明日开宴招待朱温，本宫向其敬酒，等朱温喝醉，一刀结果了他，再割下其头颅示三军，看谁敢造反！”昭宗喜，乃准备了一把利刃于袖中。
明日，昭宗开内宴，召朱温与韩建侍宴，宫妓奏乐，何皇后举觞以赐朱全忠，朱温开怀畅饮，韩建见气氛不对，乃蹑朱温足，朱全忠遽起说：“臣醉不任。”伪若颠仆即去。韩建私对朱温说：“上与宫人附耳而语，幕下有兵仗声，恐图王尔。”朱全忠知道昭宗图己，因连上章请车驾幸洛。昭宗乃遣间使以绢诏告难于南吴、西川及河东等，令纠率籓镇，以图匡复。诏有云：“朕至洛阳，则为全忠所幽闭，诏敕皆出其手，朕意不得复通矣。”
三月丁未，昭宗制以朱全忠兼判左右神策及六军诸卫事，想加恩以脱身。朱全忠见自己权倾天下，乃上奏请求恢复自己以前的姓名，昭宗批准。昭宗想拖延时间，累遣中使及内夫人传宣，对朱温说：“皇后方在草蓐，未任就路，欲以十月幸洛。”朱温说：“陕州小籓，非万乘久留之地，期以四月内东幸，否则后果自负。”闰月丁酉，昭宗发自陕郡，次于谷水。是时，昭宗左右惟小黄门及打球供奉、内园小兒二百余人，朱温犹忌之。
是日，朱温密令医官许昭远告变，乃设馔于别幄，召而尽杀之，小兒正开怀畅饮、大鱼大肉的时候，士兵们突然涌入，一刀一个将他们全部杀死，皆坑于幕下。朱温又选二百余人，形貌大小一如内园人物之状，至是使一人擒二人，缢于坑所，即蒙其衣及戎具自饰。昭宗初不能辨，久而方察。自是，昭宗左右前后，皆汴人矣。
张濬致仕，授左仆射致仕。乃还洛阳，居于长水县别墅。濬虽退居山墅，朝廷或有得失，必章疏上言。德王废立之际，濬致书诸藩，请图匡复。王师范青州起兵，欲取张濬为谋主。张濬听闻朱温把昭宗夹持到洛阳，大惊说：“大事去矣！”朱温将图篡代，惧濬构乱四方，不欲显诛，密讽张全义令图之。天复三年十二月晦夜，张全义乃令牙将杨麟率健卒五十人，有如劫盗，围其墅而杀之。