十二月初一日凌晨，寒风刺骨，康熙率王公大臣从乾清官出发，步行前往天坛致祭。事前他亲自撰就的祭文中说：伏恳苍天佑助，“悯念笃诚，立垂昭鉴，俾沉疴迅起，遐算长延。若大数或穷，愿减臣龄，冀增太皇太后数年之寿”。读祝版时，玄烨跪在坛前，滴泪成冰，在场王公大臣无不感泣。34岁的康熙竟然乞求上苍，以减少他本人的寿命为交换，尽可能地延长孝庄的生命，足见他对祖母感情之深，依恋之至。
可是，康熙的赤诚并没有感动上苍，这次不同寻常的天坛之行，未能取得他期望的效果。
月末，孝庄与世长辞。弥留之际，她嘱咐康熙：“太宗文皇帝安息日久，不可为我轻动，况且我思念你阿妈不忍远去。在孝陵附近找一地方安置，我就没有遗憾了。”她知道孙儿对她的感情，担心孙儿过度悲伤，特在遗诏中指出：“惟是皇帝大孝性成，超越千古，恐过于悲痛，宜勉自节哀，以万机为重”。“其丧制，悉遵典礼，成服后三日，皇帝即行听政。”又叮嘱身为皇太后的儿媳：“我病若不起，皇帝断勿割辫。”
尽管康熙已有精神准备，但事情真的到来时，仍然难以承受。孝庄逝世后一连十余日，玄烨昼夜号痛不止，水浆不人口，以至吐血昏迷。他违反清朝后丧皇帝例不割辫的祖制，不遵祖母遗旨，不听皇太后劝告，毅然割辫；又拒绝臣子关于“我朝向日所行，年内丧事不令腧年”的奏告，决定将孝庄梓宫安放在慈宁宫内，直到翌年正月十一日发引。
康熙二十七年(1688年)新春佳节，康熙坚持于慈宁宫为祖母守丧。他“每念教育深思，哀痛实难自禁”，恸哭不止如前。正月十一日，孝庄的梓宫被迁往朝阳门外殡宫，发引时，康熙“割断轿绳”，坚持步行；途中每次更换抬梓宫的扛夫时，也“必跪于道左痛哭，以至奉安处，刻不停声。”康熙执意为祖母持服守丧二十七个月，后经百官士民再三劝奏，才勉强同意依照祖母的遗嘱，“以日易月，二十七日而除。”
守丧生活与巨大悲痛，几乎摧毁了玄烨的身体，好在婉仪一直有给康熙调养身体，虽然身体不致有损，但是康熙哀伤过度，耗费心神，这要靠康熙自己调节。
康熙二十七年四月，玄烨亲自护送祖母的梓宫，前往遵化孝陵以南刚刚建成的暂安奉殿，恭视封掩。
孝庄去世后，康熙谕令礼部并传谕诸王、大臣：“太皇太后祭物，俱照世祖皇帝往例。”表明祭祀孝庄的规格，完全同皇帝相埒。
很长一段时间，玄烨不愿再经过孝庄生前居住的慈宁宫，甚至不愿从与慈宁宫遥相对应的隆宗门出入。每当必须路过时，便绕道而行，以免触景生情，令人心碎。康熙二十七年三月底，他对大臣们说：“从前诣两宫请安时，皆于起居注记档。今诣(皇太后)宁寿宫请安时，朕因不忍过慈宁宫，故从启祥门行走。但此系宫禁之地，外官无由得知。此后每次请安，著令太监传谕敦住，仍令起居注官记载，其不忍由隆宗门行走之故，亦令谕侍郎库勒纳知之。”
孝庄是一位杰出的女政治家，她对于顺治这个多年盼望的儿子，不能说有多疼爱，皇太极再时忙着争宠，忙着除掉宸妃，等到顺治登基时皇位不稳，攀附多尔衮，多尔衮死后又干涉顺治的决定，母子两人相处嫌隙越来越大。也许是怕重蹈她他顺治的关系，对于这个隔辈的孙子教导起来很用心，也不干涉康熙的决定。
孝庄在顺治时期让顺治最厌恶事情不过是和多尔衮不清不楚，再就是顺治后宫的女人多是孝庄选的蒙古居多。
到了康熙这儿，蒙古贵族多是闲职，把蒙古闺女送入宫中也会被康熙不喜。
又有当时形势，孝庄为了康熙皇位的稳定，选的都是康熙一脉的温柔贤淑的满族贵女，最起码能与康熙说的上话的。之后选秀进的宫女多是为了稳定前朝，掌握一个平衡知道。
就贵妃婉仪超出了孝庄的预料，虽然佟佳氏可以有女儿入宫，当时选秀的还有佟国维的女儿，但是康熙一道旨意下去给赐婚了，孝庄没有多想，以为是佟家来求的，照顾表姐，毕竟虽然入宫身份尊贵，但是后宫的争斗是不会少的，那佟国维女儿还有些天真，嫁个宗室是不错的。
哪想到到了下一次选秀康熙竟把他表妹佟国刚的女儿选进攻，这样孝庄不得不多想，康熙平时就经常照顾她，又是青梅竹马，康熙有段时间看低迷的一阵，孝庄总觉的与她有关。从她进宫这些年，虽然刚开始也很喜欢她，但是观察下来，康熙对这个表妹感情不一般，对她时不时的敲打，而康熙给了她两个儿子，又加了个养子，孝庄觉得危险了，而且康熙对他表妹的宠爱都已经到台面上来了，虽然招其他宫妃侍寝的时间差不多，后宫阿哥接连的出生，但是康熙对他表妹的宠爱已经过了。
康熙雨露均站，孝庄也没法说。等她病重想要告诫康熙，但是见康熙满脸的哀切，不停的安慰她，孝庄在心里叹了口气，算了，他是了解自己的孙儿的，是个英明果断的君主，让一个真心为他的女人在她身边也好，高处不胜寒的孤独不是谁都忍受的了得，孝庄看的出婉仪是真心对康熙好，现在还无关情爱，像是亲人，她们也确实是亲人，不似其他女人心思都不单纯。
婉仪不知道就是因为她没表现出对康熙的爱恋才逃过一劫。虽然她不见得放在心上，但是要是孝庄在康熙面前说什么话或有什么举动也够她吃一壶的。