康熙六年，首辅索尼病故。十四岁的康熙帝正式亲政，在太和殿受贺，大赦天下。但仅十天之后，鳌拜即擅杀同为辅政大臣的苏克萨哈，数天后与遏必隆一起进位一等公，实际政局并不受康熙帝直接掌控。
当时康熙帝经常召集少年侍卫在宫中作扑击游戏，康熙八年五月十六日，他突然命令这些侍卫在鳌拜进见时将他逮捕。大臣商议鳌拜大罪三十条，请求诛杀他的家族，康熙帝念在鳌拜的功劳，赦免他的死罪而拘禁，但诛杀了鳌拜的很多弟侄亲随及党羽，不久鳌拜死于禁所。仅存的另一辅政大臣遏必隆因为长期勾结鳌拜，被削去太师、一等公。康熙帝由此完全夺回朝廷大权，开始真正亲政的阶段。
施琅，一位三百多年来争议不断的人物，有人认为施琅成功荡除台湾割据政权，将台湾纳入中华行政版图，是一位了不起的爱国英雄﹔但也有人认为，施琅两次投降清政权，甘愿为外族统治者卖命，是个民族败类。
施琅出生在福建晋江衙口一个较为殷实的农民家庭。他自幼力气惊人、见识出众，家人对他寄予厚望，本想让他谋取功名，光宗耀祖。无奈他好武不好文，对仕途兴趣不大。后来随着家道日渐败落，施琅弃文从武，拜师苦练武艺，精习兵法。
当时正逢明末清初，遍地狼烟。施琅有个叔叔叫施福，是明朝总兵郑芝龙的亲信。施琅在十七岁的那年，离开家乡投奔叔叔加入郑芝龙的队伍。因为战功突出，施琅很快就晋升为游击将军。
当时担任南明太师平国公的郑芝龙眼见大势已去，于是秘密派人联络降清。清平南大将军博洛许诺郑芝龙投降后让他担任闽粤总督。郑芝龙不顾儿子郑成功的苦劝和阻拦，率领包括施琅在内的部众赶赴福州降清。
然而投降后的郑芝龙才发现自己上了当，非但没有当上闽粤总督，反而被博洛挟持进京软禁起来。随郑芝龙来降的官兵被强行分配到清军军营，施琅也被编入攻打南明政权的清军中。施琅获悉郑成功起兵抗清，于是率领弟弟施显和一些部将投奔到郑成功的麾下。
比施琅小三岁的郑成功当时起兵不久，力量弱小，因此非常器重施琅的军事才华，任命他为左先锋，视他为自己的左膀右臂，每遇大事都要和他商量。施琅也一心一意为郑成功效劳，还率领军队攻下漳浦、揭阳等地，提高了郑成功的威望和势力。然而时间一长，有些恃才傲物的施琅与年轻气盛的郑成功之间不断发生摩擦，二人的关系渐渐的恶化。
曾德事件终于导致施琅和郑成功二人分道扬镳。曾德是施琅手下一名标兵，一次违背军法犯了死罪，因为害怕受到施琅的惩处，便投奔郑成功寻求庇护，郑成功把他提拔为自己的亲随。施琅听到消息后大为愤慨，派人把曾德捉回斩首。郑成功勃然大怒，下令逮捕施琅及他的父亲施大宣和弟弟施显。
后来施琅用计逃脱，郑成功盛怒之下处死了施琅的父亲和弟弟。施琅于是对郑成功恨入骨髓，决心投靠清朝，誓报郑成功杀父诛弟之仇。听说施琅主动来降，清军闽浙总督李率泰喜出望外，立即报奏朝廷，清廷很快批复，任命施琅为清军同安副将，不久又把他提升为同安总兵。施琅的旧部得知他降清后，不少也追随而来。就这样施琅由郑成功的亲密战友变成强大的敌手。
郑成功利用浓雾作为掩护，率兵收复了被荷兰侵略者侵占的台湾。在台岛，郑成功奉明朝为正统，梦想有朝一日实现反清复明大业。可惜的是，这位民族英雄不久英年早逝，郑氏集团发生分裂，为争夺郑成功的延平郡王王位而大动干戈。
在台湾的郑军将领拥护郑成功的弟弟郑袭继位，在厦门的将领推举郑成功的长子郑经继位，双方各不相让。最后郑经平息矛盾，掌握大权。但他公然背叛他父亲，竟然宣称台湾远在海外，不属于中国的版图，意图割据一方，与清廷隔海对峙。郑经的倒行逆施引起了世人的极大愤慨。
当时已经升任福建水师提督的施琅，建议乘机攻取金门和厦门。清廷采纳了施琅的建议，让他同靖南王耿继茂、总督李率泰合谋剿贼。一战下来，清军成功收复了金门和厦门，郑经逃往东山岛。施琅又率军攻占东山岛，使郑军在福建沿海经营达二十多年的据点全部丧失。
紧接着施琅又提出进军台湾的主张，建议乘郑经军心不稳，发兵进攻澎湖，然后直捣台湾，谋求实现四海归一。踌躇满志的少年康熙欣然接受了施琅的建议，并任命他为靖海将军，负责统领水师，寻机对台用兵。
施琅选择冬天偏北风的季节，率领清军水师首次出征台湾。不料进军途中，在台湾海峡的清水洋突然遭遇台风，风云翻滚，恶浪滔天。任凭施琅航海经验丰富，依当时的船舶制造水平，根本无法抵御那样的狂风巨浪，只好下令返航。施琅又发动了两次攻台行动，但都因为遭遇台风而搁浅。
接连三次出兵都无功而返，引起了朝中许多满族官员对施琅的非议，有人甚至怀疑他对台用兵不是真心的。之后几年间，清廷内部反对武力征台的呼声占了上风。年幼的康熙虽非常支持施琅的主张，但是无奈自己尚未掌权，只好听从鳌拜等主抚派的意见。
康熙下令撤销福建水师，焚毁了全部战船，朝廷不再商议武力征台之事，还把施琅调进京城改任内大臣。内大臣只是一个闲职，一心武力平定台湾的施琅因而感到十分苦闷。不过他并没有气馁，而是继续关注福建沿海动向，认真总结失败教训，慢慢等待东山再起的时机。谁知道这一等就是整整的十三年。
主政台湾的郑经去世，郑氏子孙为了争夺王位，再次发生严重内讧。而此时清廷已经平息了三藩叛乱，康熙皇帝也稳固了自己的宝座，于是下定决心以武力统一台湾。这时已年届花甲的施琅终于等来了梦寐以求的机会。
在福建总督姚启圣和施琅的同乡、大学士李光地的极力举荐下，康熙力排众议，重新任命施琅为福建水师提督，并加太子少保衔，让他立刻返回福建，准备出兵。临行前，康熙专门赐宴施琅。席间他语重心长地说：“在用武力平定台湾问题上，只有朕赞同你的方案，希望你能尽心而为，不要辜负了朕的希望！”
感激不尽的施琅豪情万丈地表示：“老臣今年虽然已经六十有二，但血气尚未衰竭，还可以报效皇帝和朝廷。如果我此行再次失利，我甘愿领罪。”
施琅一到厦门，便夜以继日地进行出征前的准备，几乎到了废寝忘食的地步。他一面操练水师、制造军械、选配将领，一面搜集郑军情报、策反郑军将领、制定攻台方案。经过半年的努力，终于万事俱备，只等出兵。
台湾本岛地域狭窄，缺乏战略纵深，澎湖是它外围防御的唯一屏障。澎湖一旦攻陷，台湾不攻自破。施琅率领大型战船三百多艘、水兵二万多人、二百三十多艘中小战船，从福建东山岛扬帆启程，进逼澎湖。
十六日清晨，施琅向澎湖郑军发动了第一次进攻。十八日，施琅派战船攻取了澎湖港外的虎井、桶盘二岛，扫清了外围。二十二日，清朝水师兵分三路再次发动进攻，施琅亲率五十六只大型战船组成的主攻部队，正面进攻郑军主阵地娘妈宫﹔总兵陈蟒等率领由五十只战船组成东线攻击部队，从澎湖港口东侧突入鸡笼屿，作为奇兵，配合主攻部队夹击娘妈宫﹔总兵董义等率领另外五十只战船组成的西线攻击部队，从港口西侧进入牛心湾，进行佯攻登陆，牵制西面的郑军。
此外剩余八十战船作为预备队，随主攻部队跟进。交战双方都知道这是决定命运的一战，于是一交手便展开了厮杀，激战历时七昼夜。施琅巧妙利用有利的西南风向条件，采取五点梅花阵战术，即用多艘战船围攻郑军一艘，集中兵力作战。顿时茫茫大海上朵朵梅花飞舞，清军水师越战越勇，一举攻克澎湖列岛，击毁郑军大小战船近二百艘，歼灭郑军精锐部队一万二千多人，收降将近五千人。郑军主帅刘国轩侥幸依靠熟悉的地形带领少数部下逃回台湾。
澎湖失手，郑氏集团一下子乱成一锅粥，有主张降的，有主张守的，还有主张撤往吕宋岛的，一时没个结果。可是令他们意想不到的是，施琅并没有即刻发兵攻台，而是在澎湖安顿下来，一面安抚当地百姓，一面派人捞救跳水未死的郑军官兵。
对被俘的台湾兵将，施琅下令释放回台湾，临释放前他还专门声明：“我绝对不会报私仇！当年杀害我父亲的人已经死去，与其他人毫不相干。”
他还许诺说：“不仅兵士不杀，就连郑家人只要肯降，我也绝对不会杀。”
施琅身边的人曾问道：“将军与郑家具有血海深仇，如今郑氏子孙已经成为釜中鱼、笼中鸟，你为何不快点发兵剿灭，为亲人报仇雪恨呢？”
施琅说：“我带兵进攻台湾，这是国家大事，怎么能趁机公报私仇呢？只要郑家人真心归顺，我不会伤害他们，否则会引起人们的不满，连累台湾的百姓。”
与此同时，施琅上疏朝廷，建议对郑氏集团实行招抚政策，争取和平统一台湾，使台湾百姓免去刀兵之灾。对于施琅的做法，康熙十分的赞赏，并传旨同意了他的建议。年幼的延平王郑克和刘国轩等人，原本害怕施琅复仇，不敢投降，如今看到施琅的确没有杀害自己的意思，于是连忙派人到澎湖施琅军前请降。
施琅率军抵达台湾，由鹿耳门登陆上岸。刘国轩等人到军前迎接，台湾各族百姓夹道欢迎。郑克率领郑氏集团文武官员，及明朝宗室在台的鲁王世子朱恒、乐安王朱凌等削发剃头。随风飘落的一缕缕头发，标志郑氏集团正式归顺和南明小朝廷寿终正寝。
施琅收复台湾的捷报传到京城的时候，正值中秋佳节。康熙闻讯喜不自胜，脱下龙袍派人赏赐给施琅，又亲制褒章嘉许，封施琅为靖海侯，世袭罔替，令他永镇福建水师。
施琅功成名就，却留争议三百年。