荷兰舰队进兵南澳，占领厦门，舰队司令普特曼斯将舰队分成两队，到厦门湾右侧及厦门湾的北侧，攻击郑芝龙在厦门湾内正在整修的船只。
郑芝龙没有料想到荷兰人会采取攻击，因为不久前郑芝龙答应发给台湾方面自由贸易的执照，认为这样应该会使荷兰人满意。所以与海盗刘香在广东附近会战完毕后，并未防备荷兰人来袭，而顺势引兵在广东清寇，只将海战受损的船舰驶回厦门整修。
荷兰海军与刘香海盗联合舰队偷袭厦门，明军在无防守之下大败，计有郑芝龙部下的十艘船被焚，张永产部下的五艘船也被焚毁，这些被破坏的船只每艘上面配备有十六门、二十甚至三十六门的大炮，可见郑芝龙的明军水师实力当时强大到什么程度。
郑芝龙在停在厦门的船队被彻底的摧毁，此后荷兰军威大盛，船舰封锁厦门湾，横行于鼓浪屿、金门、厦门之间。明廷因为战力损失，无力再战，派员与荷兰协商，荷兰人一方面与明廷协商一方面四处略夺，持续骚扰中国沿海一带，在这亦官亦盗的时代如此行径荷兰人并不觉得羞耻。
荷兰人到处抢夺食物外，还迫使厦门、金门、烈屿、鼓浪屿及附近村落每周提供二十五只猪、一百只鸡、二十五头牛，否则就再度攻击。荷兰从攻击河流上游，改为封锁海面、掠夺船只。掠夺了一艘柬埔寨船、一艘广东船，二艘戎克船，上面分别载运盐和西瓜，掠夺二艘马尼拉的戎克船，但其中一艘很技巧的逃走了。
明廷指责荷兰人烧毁大明皇帝的船只，要荷兰人赔偿战争的损失，并退回到台湾，贸易方面一定要协商签约。荷兰人自恃优势武力，对独占中国市场的大饼指日可望，当然对明廷的协商感到不耐烦。
巴达维亚方面摆出战胜者的姿态，认为一定要迫使中国政府不再与西班牙人、葡萄牙人交易。如果中国不同意就必须再度对中国作战，直到达成目的。
郑芝龙对荷兰人的偷袭厦门深恶痛绝，发挥江湖人的本色，将自己拥有的私人海上武力调集，使用全新的英国大炮，配上有长年丰富海上经验的老干部，积极准备战舰、放火船之外，并发出悬赏令，每个人给予二两银，如果战事延长，额外给予五两。
每只纵火船有十六人，每人须带着木草，如果烧了红毛船，给二百两，由十六人均分，一个红毛人头五十两。
悬赏令所动支的金钱全由郑芝龙个人负担，直接发放，不需经过政府官员的层层剥削及延迟。在船舰的准备方面，在海澄、刘五店、石浔、安海共集合三十五只大战船，一百只放火船，及其他大小船只共四百只，准备全力与荷军一决胜负。
台湾长官兼舰队司令普特曼斯发觉郑芝龙的介入，顿时觉得兵力不足，寻求海盗刘香、李国助等人的协助，要他们与荷兰人联合起来对中国开战，荷兰人提供台湾、巴达维亚及其他要塞之处做自由停泊买卖。
荷军自攻打厦门只经过二十二天，已经感受到郑军军事压力及悬赏令的恐怖威力。普特曼斯写给刘香的信中提到：“一官屡屡用放火船及兵船企图于漳州河压倒我们，我们不时受到损害及耻辱而不得不逃走。”
荷军于是将必要的财货转移到吃水较深，不易受到放火船攻击的密德堡号上，再转运到澎湖，普特曼斯的海上优势，因为郑芝龙的出现突然之间消失殆尽。红毛人企图登陆，张永产与同安知县熊汝霖防御海岸得宜，红毛人未能得逞。
八月有台风，普特曼斯将船队开到铜山避风，同时再获得一百名士兵的增援。普特曼斯在铜山避风后，不忘强盗本色，攻击铜山一带，抢了一些牛、猪、鸡。郑芝龙与刘香有激战，刘香败战，逃往澎湖。
明帝国崇祯皇帝十分不满荷兰人在中国杀人放火掠夺财富，下令派路振飞为巡按查办，福建巡抚邹维琏接到圣旨严惩荷兰。荷兰人决议再将舰队开往金门，但又遇到台风，直到十月初，普特曼斯与海盗共同抢劫一个岛不知岛名但有农夫、有米、有动物的岛。
荷舰受到中国舰的攻击，海盗马上救助荷兰人，并向普特曼斯邀功。福建巡抚邹维琏在海澄誓师，令郑芝龙为前锋。郑芝龙报告：“卑职督率船只扼要乌沙头，据报夷夹板船九只，刘香贼船五十多只，自南北上，游移外洋。”
荷兰人见在金门北角有四、五十只中国船舰，故将船队靠于金门西南角，荷兰人收到战书，海盗刘香将所掠到的二十只牛送给荷兰人。郑芝龙不顾恶劣气候率军自头围开船，天明时到金门的料罗湾，湾内有荷兰战舰九只，海贼船五十多只，所谓擒贼擒王，郑军仍决定以攻击荷舰为主。
一声令下，郑军约一百四十只船分为二队，二面包抄一齐攻击。纵火船的弟兄勇冠三军，无视荷舰炮火的猛烈及毛瑟枪的密集射击，一一爬上荷舰并立即放火，随着多处着火沉没。二只荷舰与郑芝龙的大戎克船相遇，郑军以英国大炮猛烈攻击下也告沉没。
荷兰主帅普特曼斯亲眼看到郑芝龙的海上武力，能将引以为傲的荷兰大型战舰以一对一的击沈，心中感叹万千，自知武力比不上郑芝龙。悔恨向明国开战，不管同在料罗湾内尚有五十只同盟海贼船的死活，下令撤退脱离战场。
荷军空前失败，除了四艘大划船沉没之外，剩下五艘也受到重创，戎克船全部着火沉没。荷军深受重创，有八十三人阵亡，此即是著名的金门料罗湾海战。
战后中国明确的要求是，荷兰人到非中国属地的台湾去，不可到中国沿海，荷兰人需赔偿战争损失，中国人载货到台湾做贸易，荷兰人无直接与中国贸易的权利。
海战后荷兰台湾长官兼舰队司令普特曼斯无法对上司交待，也无颜面对江东父老。索性辞去舰队司令之职，自此荷兰人在海上不敢与明军对垒三十年，再也不敢奢谈独占中国市场，郑芝龙的地位也无人可比拟。
金门料罗湾海战结束后，荷军大败，普特曼斯质疑刘香，为何紧要的关头不见他的船只前来协助？刘香回函，称受到台风影响无法前往，同时普特曼斯的另一海盗朋友李国助也称强烈北风袭击下无法成行。
刘香与李国助一致表示要共同打击郑芝龙，他们与郑芝龙原属同道，郑芝龙现在却站在官方地位打压围剿他们，此气难消。况且有事实证明在料罗湾海战前刘香已经数度遭受到郑芝龙的攻击，郑芝龙也将李国助的二只戎克船击沉。
普特曼斯虽然怀疑刘香与李国助见风转舵，但缺乏证据，况且料罗湾海战时，自己也不顾五十艘同盟的海盗友船独自逃脱，又想到今后与刘香等仍有合作空间，所以也不想将关系破坏。
明廷在金门料罗湾海战结束后，十分注意海盗的行动。郑芝龙积极准备攻打刘香，并多次征召商船改为战船，以剿灭海盗优先。刘香倍感压力四处逃窜，逃窜时也发挥海盗本质，到那里便抢到那里，也抢贸易船只，再把抢来的货以低价卖给台湾的荷兰人。
刘香在白石岛和海丰附近抢夺三十只大戎克船，夜犯潮州惠来县城，掳人登舟，发票取赎。刘香与郑芝龙的部将在漳州河激战，又掠夺了十二只满载的戎克船。
刘香向普特曼斯建议联合出兵中国及澳门，普特曼斯深知目前荷兰刚刚战败，无力再挑起战端，所以推称目前正与中国交涉中，无法联合出兵。况且普特曼斯被郑芝龙狠狠修理后，体认到既然打不倒中国，则应调整方向，向中国示好，才不失荷兰人原来的亦商亦盗精神。
重建与中国的关系变成最优先，若刘香妨碍到与中国的贸易，普特曼斯会将视刘香为荷兰人的敌人。刘香有感普特曼斯的善变，所以越过了普特曼斯，直接派人到巴达维亚，向荷兰东印度公司说明联合出兵中国及澳门的利益，当然巴达维亚不理会刘香的建议，同时也自知战舰上也比不上明军。
普特曼斯进一步拒绝海盗刘香前来台湾，此事令刘香大为光火，去年海战前，普特曼斯承诺刘香提供台湾、巴达维亚及其他要塞供他自由停泊买卖，如今不到半年，荷兰人就反悔，引起刘香攻击荷兰人的念头，此时又有一位普特曼斯派往澎湖当使者的翻译六哥，向刘香陈述荷兰人在热兰遮城拥有许多财宝，更引起刘香觊觎。
海盗刘香率领六百名海盗部队登陆台湾，并架设云梯爬上热兰遮城，荷兰人立即反抗，引发一场攻城陆战。荷方奋力抵抗，双方激战互有损伤，时间一久，对守城的荷方有利，因为荷方乘机调集一千多名原住民加入战场，刘香看到大批敌援军到达，只得退出战场。
但是刘香心有不甘，在海上结集五十只船进行封锁台湾港及尧港，荷方也知无力以海上武力驱离，莫可奈何。在这次攻击中，刘香方面阵亡人数达十七人，普特曼斯认知到过去自已的武断是错误的，也觉醒到想藉与海盗合作获取中国的贸易许可，是极为危险又愚蠢的事。此外热兰遮城也加强了防御，屋顶上面海方向新架设了四门大炮。
来年在广东田尾洋海战中，郑芝龙攻击刘香的乘船，攻打海盗刘香。他的弟弟郑芝虎随征，郑芝虎口含钢刀，手持藤盾牌，船尾绳荡跃跳到刘香的船上格斗，格盗殆尽，几乎杀光刘香手下的海盗。却大意中伏，遭到渔网网住掷入海里，因而溺毙。
而一代传奇海盗刘香也无路可逃，引爆炸药身亡，该役刘香方面战死达六、七百人，其中包括数名葡萄牙人与日本人。
郑芝龙被任命为福州都督，掌控了更大的权力，海盗也渐渐消失。郑芝龙此时高达二十万人的军力，拥有超过三千艘大、小船的船队，成为华东与华南海洋世界的唯一强权，是史上最伟大的海盗。
从这个时候开始，东南海疆唯郑芝龙之命是从，海上的船只没有郑氏的令旗，不能往来台湾海峡，荷兰人的舰队慑于郑芝龙的声势，也不敢妄动。此时郑芝龙被称为闽海王，荷兰人在见识了郑芝龙的厉害之后，改变了对他敌对的态度，与他合作，以求在几乎完全由郑芝龙垄断的贸易中得到一些好处。