元日战争是元朝皇帝忽必烈与属国高丽两次派军攻打日本而引发的战争，这两次侵略在日本合称元寇蒙古袭来，抵御元军第一次进攻的战事为文永之役，第二次为弘安之役。
鎌仓、室町时代称呼为蒙古袭来，江户时代称为元寇，这两次入侵以北九州岛为主要战场，当时元朝的舰队是世界史上最大规模的舰队。
高丽抵抗蒙古势力武人政权倒台，忽必烈上台，对高丽方针由武力征服变更为怀柔政策，高丽成为后来元朝侵略日本的协力者。
蒙古帝国消灭金朝以后，负责漠南汉地事务的忽必烈在中原即位称帝。同年高丽元宗向他称臣，高丽成为他的东藩，而且蒙古帝国又与高丽结盟。忽必烈以易经大哉干元之意，建立元朝，定都大都，并于两年之后要求高丽派使者奔赴日本，希望与日本通好。
高丽人赵彝建议元廷出使日本，蒙古兵部侍郎黑的持虎符，充国信使；礼部侍郎殷弘持金符，充国信副使，持国书出使日本。他们率领使节团准备到日本递交国书《大蒙古国皇帝奉书》。
使节团抵达高丽，高丽元宗命令枢密院副使宋君斐、侍御史金赞等人陪同黑的等人前往日本。次年正月，宋君斐、金赞与蒙古使团到达巨济岛松边浦，宣扬风涛之险，高丽元宗让宋君斐随黑的回蒙古，宣扬大洋万里风涛蹴天、彼俗顽犷无礼义，不要去的好。但是忽必烈要求必须去，最终高丽派遣起居舎人潘阜到日本，居住了六个月，但未取得任何的收获。
忽必烈又要求高丽派遣第二批使者，高丽使节团到了大宰府，同样是空手而回。使节团参见了镇西奉行少弐资能，使节团代表潘阜向他递交大蒙古国皇帝奉书与高丽国王书状，由他传达鎌仓幕府的征夷大将军及在京都的天皇。
三月，北条时宗上台，当时主管外交的是日本朝廷，因此幕府要将这一事件报告朝廷。朝廷与幕府的中介、任职关东申次的西园寺实氏接受了国书，命名为异国书，转交院政后嵯峨上皇，随后朝廷连日开会讨论。
幕府认为蒙古人有凶心，派遣牒使是蒙古军袭来的前奏，传达御家人做好准备。鎌仓的建长寺，来了位南宋的禅僧，僧侣告诉日本人，在大陆蒙古帝国种种的暴行。潘阜因得不到答复，率团回国报告。
忽必烈命令高丽造可载米三四千石的战舰一千艘，备战。高丽崔东秀向蒙古报告高丽备兵一万，造船一千艘，蒙古派明威将军都统领脱朶儿、武徳将军统领王国昌、武略将军副统领刘杰等十四人到高丽，整阅军队、视察舟舰，表示随时进攻南宋、日本，并视察黑山岛赴日本的道路，高丽官员陪同。
蒙古正使－黑的、副使－殷弘率领使节团在高丽起居舎人潘阜等人陪同之下，共计七十五名在日本对马岛上陆，因为日本抗拒外交，蒙古人抓走了日本平民塔二郎、弥二郎。塔二郎、弥二郎到了大都，忽必烈以为他们是日本的使节，接见了他们。
忽必烈认为日本忠节可嘉、厚赐匹帛，又说：“你们国家朝觐中国，自唐朝以来就是如此，今天朕想要你们国家来朝见，并非是逼迫你们，而是想要留名声于后代。”
忽必烈让塔二郎、弥二郎参观宫殿，塔二郎、弥二郎表示这里是天堂佛剎，忽必烈大喜，又让塔二郎、弥二郎浏览燕京万寿山玉殿与诸城阙。九月，被捕的对马岛人塔二郎与弥二郎从大都回国，同行的是高丽人金有成、高柔率领的使节团。
使节团有蒙古帝国官人三人、同从人五人、高丽人六十七名，乘坐四艘船到对马嶋丰岐浦登陆，到大宰府守护所。使节携带忽必烈本人的国书、大蒙古国中央机关中书省的国书与高丽国书。
此后忽必烈或透过高丽，或派遣使者，又继续发送了一系列的信件，并以战争相威胁。幕府时值鎌仓时代中期，幕府将军惟康亲王并没有实权，实权掌握在权臣北条氏的手中。
当时的执权北条时宗认为书状无礼而决定不投降，并立刻着手加强日本最靠近高丽的领土，因此也是最有可能被首先侵略的地方，九州岛的防御。
首先幕府命令分封在九州岛的大名回到自己的驻地，并将在九州岛的军队往西移，以进一步增强可能的登陆点的防御。另外幕府还组织了大规模的宗教祈祷活动，以心理战来应对这场危机。
忽必烈早就想发动战争，但却发现朝鲜半岛当时没有足够的财力提供充足的兵力；他派了一支部队去高丽做为先锋，结果这支部队却无法在高丽的国土上自给自足，最终被迫返回中国以资补给。因为元军骑兵所需的马匹，以及所需的养马草场，都严重限制了部队的运动，以致于元军无法在几乎寸草不生的地方活动。
日本后宇多天皇文永十一年，忽必烈委托高丽造大小舰九百艘；任命忻都为征东都元帅、洪茶丘为右副帅，统领志愿军三千人，刘复亨为左副帅，统帅蒙古人及女真士兵一万五千人，元代所谓汉人即指金朝辖下契丹、女真、及北方汉人，军人以辽金为主，高丽将军金方庆统领高丽军五千六百人，加上高丽军水手六千七百人，组成共计超过三万人的大军，远征日本。
同年元军从高丽合浦出发，成功登陆对马岛，全歼岛上的日本守军。元军四百多人登陆壹岐岛，守护代宗助国父子率领八十骑拦阻，全被歼灭，元军树立赤旗为标记。
守军左卫门尉平经高率领一百多骑与元军激战，元军采用密集战术，与铁炮等武器，日军不敌，退守城内，次日城破，平景隆自杀。元军在逼近肥前国沿海岛屿时，遭到肥前守护松浦一族的强烈抗击，双方有一番激战，松浦党死伤惨重。
元军在筑前国的博德港，进逼今津，次日即发生了博德港之战。虽然元军在兵器和战术上占了优势，但他们的人数远远少于准备了很久的日本武士，而且这些武士在得知对马、壹岐失陷后得到了增援。
此外元军登陆地点地形不利于大部队展开，且距当时的九州岛首府大宰府尚有一日行程，于是在坚持了一整天之后，元军于当晚撤回船上，准备次日清晨重新登陆发动进攻。
元军分二路在博德登陆，幕府聚集了由少贰景资、大友赖泰、菊池武房、岛津久经、竹崎季长等统率的九州岛诸国部队总数约十万兵迎战。元军西路军在百道原登陆，藤原经资率领五百骑前来迎战元军，元军东路军在博德湾东部的博德箱崎郡成功登陆，击败守军，占领岸边松林，从背后突袭在百道原同元军作战的日军。
日军腹背受敌，死伤惨重，剩余的部队向太宰府水城方向撤退，此时天色已晚，副帅刘复亨中箭受伤，元军停止进攻。当天晚上，元军召开军议，由于后援不足，多数将领主张撤退，只有金方庆反对。
于是忻都下令撤退，撤退当晚竟遭到台风的侵袭，连夜大风大雨，战舰触礁岩崖多毁，海面上只剩下一些破碎的木片，元军损失一万三千多人，大多人死于这场风暴。最后辗转回到中国的只剩下一万三千五百人，而忻都俘虏了两百名日本人，献给了高丽王。
文永之役后，鎌仓幕府为了防卫元军再犯，沿博德湾海岸西从今津东至香椎，修造了约二十公里的石垒，以阻止元军的登陆，即所谓的元寇防垒。
第一次攻打日本失败后，高丽国王多次与元朝谈判，反对进一步的侵略日本计划。而元朝也派遣使者到日本，但是日本两次下令将元朝钦差杜世忠等人斩首；忽必烈非常的恼火，开始积极筹划第二次的进攻。
元军征服南宋之后，忽必烈于日本后宇多天皇弘安四年发动了对日本的第二次侵略。元军的这次侵略规模大于第一次，东路军由忻都、洪茶丘率领蒙古人及女真、契丹士兵一万九千人，金方庆统领高丽军一万人，乘战舰九百艘，加上高丽水手一万七千人，携带军粮十万石，由高丽出发。
另外由范文虎、李庭等人率领的南宋降军十万人，乘战船三千五百艘，从庆元、定海出发；两军约定于六月会合，东路军负责作战，江南军则在占领区屯田，生产米粮，以为长久之计。
幕府开始积极为可能的元军第二次侵略做了准备，除了改进弓箭，使与蒙古强弓不相上下，同时更完备地组织起九州岛的武士外，幕府还在很多元军可能登陆的地点修建堡垒和其它防御工事。
北条时宗下令在日本沿岸所有重要地区都建起了元寇防垒，这时起了重大防卫作用，元军的战舰在到达日本近海时，竟然找不到登陆的地点，只得以泊于博德湾中的舰船为阵地长达一个月。
这段期间，元军发动几次强行登陆作战均告失败，并且一直遭到河野通直等人的袭扰，也受到海贼草野党的偷袭，直到七月初，南北两军在九州岛外海会合。元军会师后再度发动登陆作战，这次远征军遇到了更顽强更有效的抵抗，日军以石墙为掩护，不断击退元军的进攻，许多蒙古军将领相继阵亡，战斗又持续了一个多月，元军的损失惨重，依然不能突破石墙。