惠巫蛊事件并没有因为郭惠的死消停，反而掀起更大的风浪。
朱元璋看到景阳宫宫人的口供怒不可遏，他没想到郭惠不仅用巫术诅咒马秀英，还干了那么多坏事，甚至和外臣有密切联系，他当即让人把郭惠的尸体丢弃乱尸岗不准下葬，并且传李善长进宫对质。
“李善长，这上面所言是否属实？”
一个纸团毫不留情地砸到李善长头上，他的心随之一沉，跟随朱元璋多年，还从未被朱元璋这般厉声呵斥过。他急忙打开纸团，被御笔批红的一段内容正是宫人揭发惠妃和他勾结的证词。他顿时魂飞胆丧，慌忙跪下说道：“皇上开恩，微臣是被冤枉是啊！”
“冤枉？”朱元璋冷嗤一声，“这么多人指证你和惠妃勾结，你还敢狡辩？”
李善长老泪纵横，“李美人进宫后，其爹娘担心李美人在宫中不适曾拜托微臣帮他们打听李美人的生活情况，微臣的确向惠妃询问过李美人的近况，除此之外并没有和惠妃有其他联系，更不敢和她勾结陷害皇后。微臣句句属实，不敢欺瞒皇上。”
“哼，难道你不知道打探后宫宫闱也是忌讳吗？”朱元璋言辞依然厉害，但脸上的神情稍微有一丝松动。
李善长伏地叩首，“臣有罪，臣不该私下打听李美人的情况，臣甘愿接受处罚。请皇上看在李美人爹娘思女心切原谅他们的罪行，他们刚刚丧女，精神已非常差……”
李善长不愧是把朱元璋心思揣摩透彻的老臣，他不为自己求情，反而为李美人爹娘求情的行为立刻让朱元璋觉得他还是一个比较重情重义的人，尤其是他间接提到李美人的死更是触动了朱元璋的心。
朱元璋已经查明李美人是被郭惠害死，对这个女人多少有些愧疚，对未出世的皇嗣也有些感伤。念及李美人平白无故遭受大难，他对李美人的亲人自然多了一份包容之心。沉吟片刻，说道：“看在他们丧女的份上，朕可以既往不咎，但是你……”
李善长立刻接口说道：“臣乞求皇上饶臣一命，臣愿告老还乡面壁思过。”
天知道李善长有多么舍不得放弃手中的权利，在朝堂上他几乎是一人之下万人之上的重臣，然而目前他只能用权利换取性命，否则等朱元璋说出更严厉的处罚，没准官位保不住，性命也保不住。
朱元璋斜视他，沉默不语，心中展开计较。
李善长这个人对朝廷还是有贡献的。以前作为军中大总管为前线将士运输兵饷、粮饷从不缺乏。后来担任丞相设立茶法、盐法，恢复制钱法，开矿冶铁，制定鱼税等措施促使国家财富日益增长，百姓也不再贫困。总的来说朱元璋还是比较信任重用他，事无巨细都委托他与诸臣商议执行。
洪武三年朱元璋大封功臣，功勋中多为武将，朱元璋为了打压武将，曾说道：“李善长虽无汗马功劳，但跟随朕多年，供给军粮，功劳很大，应当晋封大国。”
于是加官进爵时李善长被封为韩国公，位居诸公首位，诏书中还将他比作萧何，对他褒奖备至，更赐他免死铁券。
但是位极人臣的李善长权势地位都到了顶点后行事就变得傲慢放纵，他领导淮西官员和江南官员针锋相对是朱元璋乐见其成的，可是他还指使官员弹劾马秀英，这就让朱元璋有些不舒服了。
朱元璋一度动摇过***善长的念头，曾经和刘基商量想要撤掉李善长的丞相官职，不过被刘基劝阻。
这一次获悉李善长和郭惠私下交往过密，朱元璋本来打算狠狠惩治李善长，但是李善长主动提出辞官反倒让朱元璋有些犹豫不决。李善长有免死铁劵，想进一步治他死罪必然会遭人诟病，再说他的门生党羽众多，朱元璋真要处罚他还得考虑其他人的反应，若因一人动摇朝廷就得不偿失了。所以最好的办法就是李善长自己辞官，这样既不伤了君臣的关系，也不会引起其他官员的反弹。
见李善长主动识趣，朱元璋的态度也就没有那么剑拔弩张，缓和了语气假意挽留道：“李卿乃国之栋梁，为朕分担了诸多事务，朕现在还离不开你啊。”
李善长的心更是跌到谷底，如果朱元璋真要挽留他，就会直接说不准，哪有闲心说这些场面话。他跟随朱元璋多年，清楚朱元璋场面话说得越漂亮，心里的意思越相反。这次明面是在挽留他，其实心里巴不得他早点滚蛋。于是他愈发坚决地请辞，“臣年迈病多，已无精力胜任朝事，请皇上准臣辞官归居。”
“既然如此，朕准你告病回乡修养，等你身体恢复了还要继续回来辅佐朕啊。”朱元璋说了两句客套话立刻宣布道：“来人，拟旨，赐韩国公临濠地若干顷，设置守坟户一百五十家，赐给佃户一千五百家，仪仗士二十家。”
“谢主隆恩！”李善长捧着圣旨，心里苦涩难当，这些赏赐听着荣耀盛极，可是哪能和他曾经掌握的实权相比啊。罢了，罢了，能保住一条老命已算不错。只是有一点让他感慨万千，他没有迎来马秀英的报复打击，反而是郭惠这个死人连累了他，早知今日，当初他真不该选择和郭惠合作！
即使是李善长自己主动请辞，官员们还是对这个消息震惊不已，许多门生苦苦劝说李善长留下，继续为他们指明奋斗的方向。
李善长僵硬着笑脸作别，他想留也得看朱元璋答不答应啊。
人走茶凉乃官场的现状，很快官员们就被朱元璋的另一道圣旨惊动，朱元璋任命胡惟庸为中书右丞接替了李善长的职位。李善长功劳巨大位居百官之首众人没有异议，可是胡惟庸从参知政事一下跳到丞相就有些让人无法接受了，这样一个溜须拍马、汲汲钻研的家伙也能被朱元璋看重，众人都觉得仿佛要变天了。